神秘岛系列围绕着一段已经被遗忘的文明——德尼文明而展开。早年的德尼文明曾经拥有最辉煌的时代，但最终由于德尼人的傲慢与狂妄消湮在历史中。剩余的德尼人都留在各个独立的空间里，他们称之为时代。通过传送书，人可以在这些割裂的时代中自由移动。

　　神秘岛的的主要剧情主角是亚崔斯（ATRUS），他是半德尼人，一生致力于发掘德尼文化。他的三个子女西路斯（sirrus）阿克纳（achenar）依莎（yeesha）都曾经在以往各代中登场。本代的剧情主角不再是亚崔斯，而是在四里失踪的小女儿依莎。这次依莎被困在神秘岛中，她请求游戏主角（也就是你），一个偶然进入神秘岛的游客，帮助她找到黄金石板，并把她从时代中释放出来。

　　游戏中一些常用关键字
　　 K'Veer - 洞窟，本游戏开始的地方
　　 The Great Shaft - 大楼
　　 Direbo - 平静时代
　　 Taghira - 冰雪时代
　　 Todelmer - 星空时代
　　 Noloben - 夕阳时代
　　 Laki'ahn - 石岛时代
　　 Slate – 石板，游戏里主要的解密手段
　　 Bahro - 巴洛。神秘的生物，也是游戏的线索之一。

　　神秘岛系列一直以一个局外人（偶然误入神秘岛的玩家）视角，旁观亚崔斯和他周围的故事。玩家通过寻找传送之书，解开迷题，了解围绕德尼文明和亚崔斯周围一切。本作主要的目的是在大楼中（游戏开始的地方）找到通往其他时代的传送书。每个时代都有一个解开黄金石板的机关。不断在每个时代中寻找可以传送的印记，解开各种迷题不断前进，最终找到气泡传送装备，解开黄金石板的封印。

　　玩家可以控制的只有石板，当你在游戏里找到适当的印记时。把它们画在石板上，然后放下，后退几步。巴洛会出现，并按印记来引发一些特殊的内容。假如只是空白石板，巴洛就直接将石板带回气泡传送台。假如是一个传送印记，那么巴洛会把石板放到相应的传送台上，那么你就能通过传送台进入新区域。假如是一个动作印记，同样巴洛也会做出相应的动作，比如召唤风，雨，蒸汽等等。印记你可以在游戏中各个迷题中得到，也可能画在一些书，墙壁，旗杆等等位置。就看玩家是否有足够明锐观察和推理能力了。

　　（另外，游戏有一个严重BUG……假如把石板放在地方时间太长，巴洛会把石板放回传送台。但是有时候石板就此不见了，造成游戏彻底被卡死。所以建议勤记录，并尽量把石板揣在手里）